budda, все верно,одним файлом не обойтись.Как правило создают отдельную папку под изображения,отдельную под CSS и т.д.
Опять же серъезный проект делается именно так.Что касается кода только в одном файле,то это характерно для сайтов-визиток,но как вы сказали,что вам это неинтересно,тогда придется создавать много папок и файлов с разными расширениями....
Что касается литературы,могу посоветовать - Вебмастеринг на 100% (Роман Клименко),лично я начинал с него.
Посмотрите эту книгу,там в принципе все наглядно объясняется.Разве что главы с JavaScript и PHP читать не советую,т.к для этих языков есть более подходящий материал,ИМХО...