Поставьте apache под Windows и не морочьте себе голову. Установка типа "все одни кликом" нормально работать не будет. Работайте в родном (почти родном) для сервера окружении и будет Вам счастье. Есть инсталы для apache, php5, mysql, которые ставяться очень просто. установка php даже сама пропишет конфиги. В результате Вы получаете полностью и безотказно (если сами чего-то не намудрите) окружение с полным контролем над каждым компонентом окружения.

Но может тоже самое начаться.

Если у Вас в системе не шустрит утилита, которая постоянно перемещает/переименовывает папки, такого не будет. Я раньше писал под Windows'ом, переехал на Linux. Так вот, через полтора года после установки и настройки окружения в "форточках" все осталось на своих местах, все так же работает.

Денвер очень хорош тем, что все делает за Вас. Если же Вам нужно под свои нужды, тогда это будет сложновато, лучше ставте Апач и моды для ПХП, мускулы, реврайта и т.д.

Следует подождать нужного обновления АВ.

это конечно хорошо, что он все далет сам. Но при каких бы там настройках по умолчанию речи о безопасности и быть не может. Перекочевав на линукс, понял очень хорошую вещь - хочешь, чтобы все работало правильно, как надо? Лезь в конфиги и делай все руками. Будет работать 100%. Ни каких GUI и автоинсталяторов.

Удалил вирус ~Win_check_link. При каждой загрузке Денвер то ищет в папке localhost subdomain, то обходится без этой папки. Опять перезапуск Денвера и перезагрузка компа не помогает: только перемещение файлов в требуемую директорию. Вирус же, как-то её менял? Снова что ли вирус?

Суть проблемы, чего никак не может быть в unix-подобных системах, заключается в том, что Вы, как пользователь системы, изначально работаете с полными правами администратора. Поэтому, абсолютно все вирусы, которые бегают у Вас, имеют абсолютно такие же права. Аналогичные права имеет товарищ apache и php-скрипты, которые он запускает. Пропишите еще раз конфигу денвера так, чтобы он работал, как Вам надо. А потом запретите изменение этого файла, установив ему атрибуты только на чтение. Кроме того, храните резервную копию конфиги и ее контрольную сумму. Как только увидите, что денвер опять перестал работать, проверяйте контрольную сумму файла и его содержание. Если изменен - ставьте резервную копию конфиги.

UPD: либо создайте 2 учетки для работы:
1 - с правами админа, через которую занимайтесь конфигурацией системы и денвера. Не забудьте поставить на эту учетку пароль. Используйте в работе пакет SysInternals, который бесплатно распространяет мелкософт. Для нормальной работы сначала наведите порядок в системе: снесите ненужные утилиты, проверьте автозагрузку (не только папку, но и msconfig, утилами с sysinternals, реестр, тот же ccleaner). Как только увидите, что не грузиться ничего лишнего, только дрова и критично важные приложения, начинайте конфигурацию. Закончив, сделайте резервные копии всех конфиг, запишите их контрольные суммы. Запретите изменение важных конфигурационных файлов.
2 - для обычной работы, написание скриптов и прочее. В этой учетке так же важен момент контроля работы процессов, которые загружены в системе. Отключите всякие красоты, посмотрите, что влияет на работу сервисов. Методом исключения и набивания шишек настроите работу, как надо, и забудете о головной боли.

ЗЫ: мой Вам совет - чтобы вообще забыть о проблемах с конфигурацией, поставьте себе ту же Ubuntu. Держите 2 системы, они друг другу мешать не будут. Но в Ubuntu вообще забудете, что такое вирусы. Да, они есть, но таких портаков, как в "форточках" точно не натворят просто потому, что доступ с админ правами им точно никто не даст. НЕ УВЛЕКАЙТЕСЬ wine!

В файлах с расширением conf , только в vhosts.conf есть слово ‘subdomain’ .
Ниже представлена часть файла vhosts.conf :
# ВНИМАНИЕ!
#
# Данный файл был сгенерирован автоматически. Любые изменения, внесенные в
# него, потеряются после перезапуска комплекса. Если вы хотите изменить
# параметры какого-то отдельного хоста, вам необходимо перенести
# соответствующий блок <VirtualHost> в httpd.conf (там написано, куда именно).
#
# Пожалуйста, не изменяйте этот файл.


[quote name='r3ntg3n' post='97451' date='21.1.2011, 16:11']изменение этого файла[/QUOTE]
Какого?

[quote name='r3ntg3n' post='97451' date='21.1.2011, 16:11']UPD: либо создайте 2 учетки для работы:[/QUOTE]
Давно создал, только пароля adin'a у меня не было.

НЕ УВЛЕКАЙТЕСЬ wine![/QUOTE]
У меня нет.